اختلافات میان امیر قلعه‌نویی و مدیران وقت باشگاه استقلال در مهر ماه سال ۱۳۸۸ آن‌قدر بالا گرفته بود که این باشگاه طی کمتر از ۱۰ روز، ۳ بیانیه منتشر کرد و کاملا مشخص بود که سرمربی اسبق خود را خطاب قرار داده است. قلعه‌نویی که در آن مقطع هدایت سپاهان را بر عهده داشت، ۲۸ مهر ۸۸ در واکنش به سومین بیانیه باشگاه استقلال گفت: مردم دروغ‌گوها را به خوبی می‌شناسند و کاملا به این نکته اشراف دارند که چه کسی برای استقلال زحمت کشیده است. من الان در استقلال نیستم اما کوچک‌ترین شکی ندارم که در دل هواداران این تیم قرار دارم و آن‌ها هرگز زحمات امثال امیر قلعه‌نویی را فراموش نخواهند کرد.
قلعه‌نویی در ادامه افزود: آقایانی که این‌گونه بیانیه می‌دهند، جزو ریشه و هویت باشگاه استقلال نیستند بلکه با این کارها هدفشان نابودی استقلال است. البته یک عده هم این روزها می‌بینند که سپاهان با من خوب نتیجه می‌گیرد و به همین خاطر شاید تصور کرده‌اند که می‌توانند تمرکز ما را بر هم بزنند اما مطمئن باشید چنین اتفاقی رخ نخواهد داد.
