علی دایی در نیمه دوم تیر سال ۱۳۹۱ دوباره با باشگاه راه آهن به توافق رسید تا هدایت این تیم را در لیگ دوازدهم بر عهده داشته باشد.
دایی ۲۱ تیر همان سال در گفت‌وگویی اختصاصی با خبرورزشی ضمن تایید حضورش در راه آهن، پیرامون شایعه مذاکره باشگاه پرسپولیس با او برای هدایت این تیم گفت: پرسپولیس الان صاحب سرمربی شده و قرار است با آقای مانوئل ژوزه کار را دنبال کند. من این مربی را نمی‌شناسم چون فوتبال مصر را دنبال نمی‌کردم ولی شنیده‌ام ایشان افتخارات فراوانی در آن‌جا به دست آورده‌اند. برای این مربی و پرسپولیس آرزوی موفقیت می‌کنم و پیرامون شایعه مذاکره با خودم برای هدایت پرسپولیس هم باید بگویم مدیران این باشگاه هیچ مذاکره‌ای با من انجام ندادند.
در آن مقطع شایعه شده بود که مجتبی جباری و فرهاد مجیدی دو بازیکن استقلال که با برخی افراد در این باشگاه اختلاف داشتند و معلوم نبود برای لیگ دوازدهم چه تصمیمی خواهند گرفت، راهی راه آهن شده و زیر نظر دایی فوتبال بازی خواهند کرد. شهریار در این رابطه نیز به خبرورزشی گفت: فرهاد مجیدی در تیم ملی همبازی من بود و مجتبی جباری هم در همان تیم ملی بازیکن خودم محسوب می‌شد. هر دو نفر قابلیت‌های فراوانی دارند و من آرزو دارم این دو بازیکن را در راه آهن داشته باشم اما واقعیت امر این است که شرایط مالی و محدودیت‌های مربوط به بودجه راه آهن را نیز باید در نظر گرفت.
سرمربی اسبق پرسپولیس و تیم ملی در واکنش به شایعه آن روزها در فضای مجازی پیرامون مطرح شدن نام خود در پرونده یک اختلاس نیز تصریح کرد: این حرف‌ها به هیچ عنوان صحت ندارد. ۱۵ سال است که در داخل و خارج از کشور مشغول فعالیت اقتصادی هستم و یک ریال از هیچ بانکی پول نگرفته‌ام. در تمام این سال‌ها حتی یک ریال پول حرام سر سفره‌ام نبرده‌ام.
