وقتی علیرضا منصوریان در هفته‌های آغازین لیگ شانزدهم نتوانست نتایج خوبی بگیرد و این روند تداوم پیدا کرد، ترجیح داد در روزهای پایانی تابستان سال ۱۳۹۶ از سمت خود کناره‌گیری کند و حدودا یک هفته پس از آن زمینه برای ورود وینفرد شفر به تهران فراهم شد. یک سرمربی آلمانی که سابقه هدایت تیم ملی کامرون در جام جهانی ۲۰۰۲ را داشت و پیش از سفر به تهران روزهای قابل ملاحظه‌ای از ایام سال را در دبی زندگی می‌کرد و به واسطه داشتن دوستان ایرانی، فوتبال ما را به طور نسبی می‌شناخت.
شفر در روز دوازدهم مهر سال ۱۳۹۶ با استقلال در هیئت فوتبال تهران به صورت رسمی قرارداد بست و هدایت آبی‌پوشان پایتخت را بر عهده گرفت. وقتی در آن‌جا از مرد آلمانی پرسیدیم آیا قول قهرمانی در لیگ برتر را می‌دهد یا نه، با تعجب نگاهمان کرد و به خبرورزشی گفت: قول قهرمانی بدهم؟ من هنوز حتی نمی‌دانم چند نفر از بازیکنان استقلال مصدوم هستند! باید کار را استارت بزنیم و ببینیم شرایط چگونه است اما قدر مسلم این‌که روز به روز باید بهتر بشویم.
نکته جالب توجه دیگر در جریان روز عقد قرارداد شفر این‌که او دقایقی پیش از امضای قراردادش، عکس فرهاد مجیدی را روی جلد خبرورزشی دید ولی او را نشناخت و نامش را از دیگران پرسید! اتفاقی که باعث تعجب همه حاضران شد. البته فرهاد مجیدی حدودا ۱۶ ماه پس از این ماجرا دستیار همین شفر در استقلال شد و پس از برکناری او به عنوان سرمربی موقت کار را جلو برد.
شفر در لیگ شانزدهم نتایج خوبی گرفت و استقلال تحت هدایت او عنوان قهرمانی جام حذفی را هم به دست آورد.
