پس از جدایی ساپینتو، جواد نکونام جزو مربیان کاندیدای هدایت در استقلال بود. او همراه با محمد ربیعی و ساکت الهامی و یک مربی اسپانیایی از سوی سازمان خصوصی‌سازی و وزارت ورزش برای هدایت استقلال انتخاب شده بودند.
طرفداران فوتبال به ویژه علاقه‌مندان به تیم استقلال به یاد دارند در هفته پایانی خرداد ماه و در شرایطی که بر سر راه حضور نکونام روی نیمکت استقلال ایجاد شده بود، در نهایت با رایزنی‌های وزارت ورزش و حجت کریمی - سرپرست موقت مدیرعاملی باشگاه در آن ایام - این مشکل برطرف شد و نکونام سرانجام روز سی و یکم خرداد در مراسم معارفه اش، رسماً به هواداران این تیم معرفی شد.
نکونام که همان روزها لیست بازیکنان مورد نظرش را به حجت کریمی و علی امیری داده بود روز گذشته در گفتگویی پس از دیدار دوستانه این تیم مقابل پیکان اعلام کرد: «اگر مهرداد محمدی جذب شد خود من با هر دو برادر صحبت کردم و او را آوردم. حجت کریمی هم زحمت کشید و قرارداد را بست. واقعاً هم این کار بزرگ بود».
یادآور می شود که همچنین در فایل صوتی منتشر شده از یکی از مسئولان عالی رتبه اعلام شده که حجت کریمی مبلغی در حدود ۱۲ میلیارد تومان نقداً به مهرداد محمدی پرداخت کرده تا این بازیکن قراردادش را با استقلال منعقد کند.
به نظر می‌رسد جواد نکونام که در روز معارفه خودش نیز دائماً با حجت کریمی در حال صحبت‌های در گوشی بود از بیان این موضوع هدف داشته و به نوعی به وضعیت بد یارگیری تیمش اشاره داشته است. همچنین سرمربی استقلال لابلای صحبت‌های اخیرش با اشاره به حضور فردی دور و بر مدیر جدید باشگاه استقلال نسبت به افرادی که قصد دارند در آرامش این تیم اختلال ایجاد کنند نیز گلایه کرده و هشدار داده بود.
