علی دایی با افشاگری پیرامون محسن قهرمانی زمینه برای مطرح شدن برخی مسائل در فوتبال ایران را فراهم کرد و این ماجرا در پاییز سال ۱۳۹۲ فوقالعاده جنجالی شد.
در همان مقطع هنگامی که استقلال در دور رفت لیگ سیزدهم به مصاف نفت تهران رفته بود، گروهی از تماشاگران این تیم علیه علی دایی شعار دادند و سرمربی وقت پرسپولیس نیز طی مصاحبهای جنجالی مدعی شد لیدرهای استقلال خط گرفته بودند تا فضای ورزشگاه را علیه او متشنج کنند! این ادعای علی دایی با واکنش تند مدیران باشگاه استقلال در آن مقطع مواجه شد طوری که ۲۹ مهر سال ۹۲ با انتشار بیانیهای مدعی شدند اگر علی دایی نتواند ادعای خود را ثابت کند، از او شکایت خواهند کرد.
البته داستان در نهایت فیصله یافت و همه چیز مشمول مرور زمان شد تا داستان تقابل استقلال با سرمربی وقت پرسپولیس در پاییز سال ۹۲ نیز به بایگانی سپرده شود.