در دهه اول مهر سال ۱۳۹۱ گروهی از هواداران استقلال امیر قلعه‌نویی را به دلیل آن‌چه که عدم پیگیری لازم برای بازگشت فرهاد مجیدی به استقلال تلقی می‌کردند، مورد انتقاد قرار داده و حتی گاهی اوقات در ورزشگاه نیز به نشانه اعتراض این بازیکن را تشویق می‌کردند.
قلعه‌نویی نهم مهر سال ۹۱ طی مصاحبه‌ای خبرساز که در خبرورزشی نیز منتشر شد، سکوت خود در مورد فرهاد را شکست و حرف‌های مهمی پیرامون ستاره اسبق آبی‌پوشان زد که بد نیست خلاصه آن‌ها را دوباره باهم مرور کنیم:
- فرهاد مجیدی برای فوتبال ایران زحمت کشید. زمانی که جوان‌تر بود، برانکو به تیم ملی دعوتش نمی‌کرد ولی من به عنوان سرمربی تیم ملی او را دعوت کردم و در استقلال نیز به این بازیکن میدان دادم.
- مجیدی حتما یادش می‌آید وقتی فیروز کریمی سرمربی استقلال بود و من هدایت مس کرمان را بر عهده داشتم، مرتب تماس می‌گرفت و به او مشورت می‌دادم.
- ابتدای همین فصل (منظور قلعه‌نویی دوازدهمین دوره رقابت‌های لیگ برتر است) از فتح‌الله‌زاده خواستم فرهاد را بیاورد. ایشان گفت با هم جلسه بگذارید و مشکلات را حل کنید اما من گفتم مشکلی نیست. شما کارهای اداری آن را انجام بدهید.
- محمود فکری و علیرضا منصوریان در دوره من خداحافظی کردند. دوست داشتم چنین اتفاقی برای مجیدی هم رخ بدهد. می‌خواستم فرهاد به ما کمک کند ولی بحث‌های دیگری مطرح شد.
- قبل از این‌که در سال ۸۷ به استقلال برگردم، علیرضا منصوریان خیلی علیه من مصاحبه کرد اما دیدید که او را نگه داشتم و در فینال جام حذفی برایش بازی خداحافظی گرفتیم.
نکته این‌که فرهاد مجیدی در پاییز سال ۹۱ به استقلال برگشت و یک سال بعد در زمان سرمربی‌گری همین امیر قلعه‌نویی هم از فوتبال خداحافظی کرد.
