بعد از باخت به پرسپولیس، نکونام نامه خداحافظی از استقلال منتشر کرد ولی مشخص نیست آینده او در این تیم چه خواهد شد. مدیران استقلال گویا می خواهند نکونام را برای بازی حساس این هفته مقابل السد حفظ کنند و جواد برای این بازی روی نیمکت بنشیند. با این حال بعد از این بازی احتمال استعفا یا برکناری نکونام وجود دارد. این درحالیست که از همین حالا نام گزینه های مختلف داخلی و خارجی برای حضور در استقلال مطرح شده و شایعات زیادی در فضای مجازی در حال پخش شدن است.
نکته ای که اما باید به آن توجه کرد، ماجرای پر بودن سقف بودجه باشگاه استقلال است. گویا به همین دلیل قرارداد نکونام حدودا نصف مبلغ توافق شده با خود او در سازمان لیگ ثبت شده است. سقف استقلال پر است و اگر قرارداد نکونام فسخ شود هم مبلغ چشمگیری برای جذب یک مربی طراز اول خارجی به سقف بودجه باشگاه استقلال اضافه نخواهد شد. حال باید دید در صورت جدایی نکونام از استقلال، مدیران این باشگاه چه برنامه ای برای انتخاب جانشین او دارند و چه کسی روی نیمکت آبی ها خواهد نشست.