مجتبی جباری بارها از شرایط استقلال انتقاد کرده بود و حتی کارش به چالش جدی با برخی از مدیران وقت باشگاه نیز کشیده شد. جباری ۱۷ مرداد سال ۱۳۹۸ در گفت‌وگوی اختصاصی با خبرورزشی حرف‌هایی جنجالی بر زبان آورد که خلاصه آن‌ها را به اتفاق مرور می‌کنیم:
- همیشه سعی کردم طوری رفتار کنم یا حرف بزنم که بابت آن‌ها نگرانی نداشته باشم. سعی کردم حرف‌هایی بزنم که به آن اعتقاد دارم. برای مثال، شک نداشتم حرف‌هایی که پارسال در مورد استقلال زدم درست است (منظور جباری حرف‌های پرسروصدایی بود که سال ۱۳۹۷ پیرامون استقلال بر زبان آورد)
- افرادی که در استقلال طی چند سال اخیر مدیریت کرده‌اند اصلا در این باشگاه تصمیم‌گیرنده نیستند. آن‌ها از طرف آدم‌های دیگر قرار داده شده‌اند و هر وقت هم که روسا بخواهند، این مدیران را برمی‌دارند. یک‌سری از مدیران افتضاح بودند و صدمات زیادی زدند. بعضی از آن‌ها حتی از خرده‌دزدی هم نگذشتند.
- خیلی دردناک است که برخی آدم‌ها جایگاه باشگاه استقلال را نمی‌دانند. همه باشگاه‌های جهان سعی می‌کنند افتخارات و گذشته خود را حفظ کنند ولی در استقلال...
- وقتی وینفرد شفر من را به عنوان دستیار خود خواست، این ماجرا برایم خوب بود چون بالاخره یک مربی من را می‌خواست اما واقعیت امر این است که آدم‌های باشگاه من را نمی‌خواستند. البته الان به این نتیجه رسیدم که خوب شد وارد کادر فنی استقلال نشدم.
