پس از این‌که امیر قلعه‌نویی در اواخر بهار سال ۱۳۹۱ دوباره به استقلال پیوست و هدایت این تیم را بر عهده گرفت، فرهاد مجیدی ترجیح داد در این تیم باقی نماند و مدتی را بدون تیم سپری کرد ولی از اواخر آذر ماه آن سال شایعاتی پیرامون بازگشت فرهاد به جمع آبی‌پوشان مطرح شد و امیر قلعه‌نویی هم از آن استقبال کرد و گفت تصمیم نهایی پس از دیدار با فرهاد اتخاذ خواهد شد.
این ملاقات روز سوم دی ماه سال ۹۱ برگزار شد و توافق نهایی صورت گرفت تا فرهاد مجیدی دوباره به جمع بازیکنان استقلال اضافه شود و در نیم‌فصل دوم لیگ دوازدهم آبی‌پوشان پایتخت را همراهی کند. البته قرار شد با توجه به دور بودن فرهاد از شرایط مسابقه، او به صورت فشرده تمرینات بدنسازی خود را دنبال کند. همچنین با توجه به در پیش بودن دربی برگشت، مجیدی که می‌خواست جهت سپری کردن دوره مربی‌گری راهی اسپانیا شود، قید این سفر را زد تا در تهران تمرینات پرفشار خود را دنبال کند.
در نهایت فرهاد به استقلال برگشت و در نیم‌فصل دوم لیگ دوازدهم نمایش مطلوبی ارائه کرد؛ نمایشی که در قهرمانی استقلال هم کاملاً تاثیرگذار بود و می‌توان گفت سرنوشت این تیم در آن فصل را تغییر داد.
