امیر قلعه‌نویی با استقلال افتخارات بسیار زیادی به دست آورده اما با تیم‌های متعددی نیز به مصاف آبی‌پوشان پایتخت رفته است و به همین خاطر به طور کلی طی ۲۰ سال اخیر همواره رابطه‌اش با استقلال به‌نوعی پرفراز و نشیب و چالش‌برانگیز بوده است.
قلعه‌نویی که تابستان سال ۱۳۹۰ هدایت تراکتور را بر عهده گرفته بود، شهریور ماه همان سال توانست دست به کار بزرگی زده و استقلال پرستاره را در ورزشگاه آزادی شکست بدهد. این مسابقه در حالی برگزار شد که استقلالی‌ها پس از آن باید به مصاف پرسپولیس می‌رفتند.
سرمربی آن‌زمان تراکتور که هم‌اکنون هدایت تیم ملی فوتبال کشورمان را بر عهده دارد، روز بیست‌ویکم شهریور سال ۱۳۹۰ در گفت‌وگویی مفصل با خبرورزشی به نکات جالبی اشاره کرد و با توضیح پیرامون اتفاقاتی که هنگام برگزاری بازی استقلال تراکتور در ورزشگاه آزادی به وقوع پیوست، گفت: بازی بسیار پُرافت‌وخیزی بود و زیبا از آب درآمد. خوشحالم که هنوز هم هواداران استقلال به من لطف دارند؛ البته تعداد کمی از آن‌ها در خلال مسابقه به من و چند بازیکن تراکتور کم‌لطفی کردند اما به هر حال تیمشان در خانه باخته بود و از نظر روحی در شرایط سختی قرار داشتند. حالا استقلال باید با پرسپولیس بازی کند و من چون سمتی در هیچ کدام از دو تیم ندارم، ترجیح می‌دهم زیاد پیرامون آن مسابقه حرف نزنم اما دلم می‌خواهد بازی زیبایی را ببینیم و استقلال برنده دربی شود.
امیر قلعه‌نویی همچنین با علی فتح‌الله‌زاده مدیرعامل وقت باشگاه استقلال هم در این مصاحبه شوخی کرد و گفت: آقای فتح‌الله‌زاده به من گفت تیم تو را در تبریز می‌بریم من هم در جواب گفتم حاجی جان اول ۲۴ ساعت ریکاوری کن بعدا برای بازی برگشت تصمیم بگیر!
نکته جالب توجه این‌که استقلال دقیقا طبق همان چیزی که امیر قلعه‌نویی خواسته بود برنده دربی اواخر شهریور سال ۹۰ شد و اتفاقا بازی برگشت مقابل تراکتور در بهمن ماه آن سال را هم در تبریز به سود خودش تمام کرد!
