بازیکنان استقلال چند جلسه تمرین نکردند تا صدای اعتراض خود بابت مسائل مالی را به گوش مدیران باشگاه برسانند. اعتصابی که بازتاب رسانه‌ای بسیار زیادی داشت. البته با توجه به بدهی معوقه بالای باشگاه به این نفرات، شاهد اتخاذ موضعی آشتی جویانه از طرف علی خطیر بودیم و او صراحتاً گفت حق را به استقلالی‌ها می‌دهد که دغدغه دریافت دستمزد خود را داشته باشند.
در روزهای اعتصاب استقلالی ها، نکونام به طور مستمر با بازیکنان در ارتباط بود و از طرف دیگر، با وجود ناراحتی فراوان از شرایط ایجاد شده، رابطه خود با کادر مدیریتی باشگاه را هم قطع نکرد چون نمی‌خواست استعفا بدهد و به هر حال باید با آنها همکلام می‌شد اما سرمربی استقلال در تمام روزهایی که شاگردانش اعتصاب کرده بودند بخش اعظمی از وقت خود را در کمپ حجازی گذراند. او تمام دستیارانش را هم فراخوانده بود تا به اتفاق همدیگر فیلم تمرینات را بررسی کنند و داده‌های کامپیوتری را نیز در کنار آن تطبیق بدهند تا ببینند بازیکنان کنونی در کدام قسمت از تمرین ضعف دارند. جواد نکونام همچنین فیلم بازی‌های دوستانه استقلال را هم آنالیز کرد و از تحلیل حریفان چند هفته آغازین نیز با توجه به فرصت ایجاد شده غافل نماند.
کار دیگری که جواد نکونام در روزهای اعتصاب بازیکنان استقلال انجام داد، تماشای دوباره گلچین فیلم‌های چند بازیکن خارجی بود که نامشان را به عنوان گزینه‌های مد نظر خود به باشگاه استقلال داده است. نکونام همراه با دستیارانش دوباره فیلم این بازیکنان را که اغلب آنها در پست‌های تهاجمی به میدان می‌روند را مورد بازبینی قرار داد. البته نکته اینجاست که باید دید نفرات مذکور تا زمان کاهش مشکلات مالی استقلال همچنان بدون تیم باقی خواهند ماند و مسافر تهران خواهند شد یا خیر؟
استقلال تمرین نمی‌کرد اما جواد نکونام در محل تمرین باقی مانده بود. نکونام برای آنالیز شرایط تمرین وضعیت حریفان و همچنین بازیکنان خارجی طی ۷۲ ساعت گذشته وقت زیادی گذاشت و برای مثال، جالب است بدانید با وجود اینکه بازیکنان استقلال روز سه‌شنبه در اعتصاب بودند، سرمربی آنها سه شنبه شب حوالی ساعت ۲۲ کمپ حجازی را ترک کرد!
