وقتی مهرداد محمدی به استقلال پیوست، صحبت بر سر این بود که هنگام عقد قرارداد هیچ پولی از استقلال نگرفته اما یک چک به ارزش بالغ بر ۱۲ میلیارد تومان دریافت کرده است. کاملاً مشخص بود این مبلغ به عنوان پیش قرارداد برای مهرداد در نظر گرفته شده و اگر در تاریخ معین نقد نشود، استقلال به یک چالش بزرگ دچار خواهد شد. همین واقعه هم رخ داد و استقلال نتوانست چک مهرداد را پاس کند به همین دلیل محمدی یک روز تمرین نکرد و طبق قانون می‌توانست قراردادش را با آبی‌پوشان فسخ کند اما چنین کاری را انجام نداد چون یک نفر در باشگاه استقلال از او خواست این کار را نکند.
این فرد کسی نبود جز خود جواد نکونام. سرمربی استقلال بلافاصله پس از اینکه متوجه شد مهرداد محمدی به پولش نرسیده است با او صحبت کرد و به این بازیکن گفت کاملاً شرایطش را درک می‌کند و می‌داند در دنیای فوتبال حرفه‌ای همانطور که مربیان و مدیران باشگاه از بازیکنان انتظار نظم و انضباط دارند، فوتبالیست‌ها هم به حق متوقع هستند که دستمزد خود را راس تاریخ مقرر دریافت کنند و از این بابت کاملاً به محمدی حق می‌دهد که دنبال مطالبات خود باشد اما با توجه به شرایط استقلال و دشواری‌های این فصل، سراغ بحث جدایی نرود و با وجود اینکه چک مورد نظر را دریافت نکرده است، همچنان در استقلال باقی بماند.
مهرداد محمدی هم پس از اینکه دید سرمربی تیمش اینطور صادقانه با او صحبت می‌کند و همه چیز را شفاف می‌گوید، به حرمت احترامی که برای جواد نکونام قائل است، قراردادش را فسخ نکرد و همچنان در استقلال حضور دارد.
