استقلال در این فصل چالش‌های مالی زیادی داشته و به طور حتم این موضوع تا پایان فصل هم ادامه خواهد داشت. قرارداد بازیکنان استقلال در این فصل بالاست و همین موضوع این تیم را به یکی از گران ترین تیم‌های این فصل لیگ برتر تبدیل کرده است.
تعهدی که مدیران وقت استقلال ایجاد کردند، کار مدیران جدید این باشگاه را هم به شدت سخت کرده و حتی فتح الله زاده در گفت و گویی اعلام کرد طی روزهای گذشته از دوستانش پول قرض کرده تا بتواند خرج تیم کند.
یکی از نکات عجیبی که در استقلال این فصل به چشم می‌خورد، پرداختی نامنظم به بازیکنان این تیم است. مثلا چند ستاره این تیم و البته بازیکنان خارجی چیزی حدود ۳۰ تا ۴۰ درصد از قراردادشان را گرفتند ولی بعضی از بازیکنان دیگر استقلال ۱۰ درصد دریافتی داشتند. عده ای دیگر از استقلالی چیزی بین ۲۰ تا ۲۵ درصد گرفتند و همین موضوع به یک مشکل برای این تیم تبدیل شده است.
بازیکنانی که دریافتی ۱۰ درصدی داشتند ، ناراحتی خود را به مدیران جدید باشگاه استقلال اعلام کردند و خواستار رسیدگی به این مشکل شدند. آن‌ها معتقدند نباید بین بازیکنان در یک تیم فرق گذاشته شود و پرداختی به بازیکنان باید یکسان انجام شود. حال باید دید فتح الله زاده و دوستانش چگونه این موضوع را مدیریت خواهند کرد تا مشکل به وجود آمده را برطرف کنند.
