استقلال با امیر قلعه‌نویی در بهار سال ۱۳۹۲ روزهای خوبی را سپری می‌کرد. این تیم در آستانه فتح لیگ دوازدهم حرفه‌ای قرار داشت و البته در لیگ قهرمانان آسیا هم نتایج مطلوبی می‌گرفت اما امیر قلعه‌نویی به خاطر رفتار برخی طرفداران و انتقادات آن‌ها ساز جدایی کوک کرده بود.
امیر در مصاحبه‌ای که پنجم اردیبهشت سال ۹۲ در خبرورزشی منتشر شد، پیرامون این مسئله گفت: تمام تلاش خودم را کار بسته‌ام و فقط به بازی‌های باقیمانده استقلال در لیگ برتر و لیگ قهرمانان آسیا فکر می‌کنم اما نباید خودمان را گول بزنیم چون آقایانی هستند که نمی‌خواهند استقلال با من نتیجه بگیرد و قهرمان شود به همین خاطر دوست ندارم به خاطر امیر قلعه‌نویی با روح و روان استقلال بازی شود. من ۱۵ جام با استقلال گرفته‌ام و یکی از بزرگترین قراردادهای مربیگری تاریخ فوتبالم را به خاطر هواداران این تیم رد کردم اما آن‌قدر ضربه خوردم که تصورش را هم نمی‌کردم. در چنین وضعیتی ترجیح می‌دهم بروم تا مربی بزرگی را برای استقلال بیاورند و این تیم را به اهدافش برسانند.
جالب این‌که امیر قلعه نویی هم در بخشی از حرف‌هایش مانند صحبت‌های این روزهای جواد نکونام حرف زد و مدعی شد عده‌ای نمی‌خواهند استقلال با او قهرمان شود. البته نکته این‌جاست که امیر چند روز پس از این مصاحبه استقلال را قهرمان کرد و تا اواخر بهار سال ۱۳۹۴ هم از این تیم نرفت!
