امیر قلعه‌نویی بهار سال ۱۳۸۸ پس از این‌که توانست استقلال را به عنوان قهرمانی هشتمین دوره رقابت‌های لیگ برتر برساند، به خاطر عدم تفاهم کاری با امیررضا واعظی‌آشتیانی از سمت خود کناره‌گیری کرد و به سپاهان پیوست.
در اوایل مهر همان سال یک فیلم مستند توسط باشگاه استقلال منتشر شد که فوق‌العاده سر و صدا کرد و خشم قلعه‌نویی را هم در پی داشت. او ۲۱ مهر سال ۸۸ در مصاحبه‌ای با انتقاد از شرایط ایجاد شده گفت: هواداران استقلال بهترین قاضی هستند و خودشان می‌دانند چه کسانی برای این تیم زحمت کشیده‌اند. به خدا قسم از این‌که می‌بینم در این فیلم به کم‌لطفی خود علیه امیر قلعه‌نویی ادامه می‌دهند ناراحت نیستم ولی از این‌که می‌بینم یک عده تلاش می‌کنند تا امیر قلعه‌نویی را مقابل هواداران استقلال بگذارند، واقعا خونم به جوش می‌آید. در این فیلم با فشار روی کارگردان صحنه ملاقات من با معلولان ذهنی را حذف کرده‌اند تا به زعم خودشان تبدیل به قهرمان نشوم.
سرمربی کنونی تیم ملی در ادامه این مصاحبه به نکته دیگری هم اشاره کرد و گفت: آقایان جام‌ندیده در استقلال با افتخارات دیگران پز می‌دهند. این مدیران اگر موفق بودند باید در رشته تخصصی خودشان به موفقیت دست پیدا می‌کردند. جالب است که این افراد ادعای مبارزه با لمپنیسم را دارند ولی شاهد بودیم که سر تمرین استقلال علیه علی فتح‌الله‌زاده شعار داده شد و هیچ برخوردی هم با افرادی که این کار را کردند، صورت نگرفت! در تمرین استقلال علیه آدمی شعار دادند که سال‌ها برای این باشگاه زحمت کشید و افتخار آورد.
