استقلال در حالی با فراز و نشیب‌های فراوان توانست عنوان قهرمانی هشتمین دوره رقابت‌های لیگ برتر را در روز ششم اردیبهشت سال ۱۳۸۸ از آن خود کند که از اواخر آن فصل مشخص بود آب امیر قلعه‌نویی و امیررضا واعظی‌آشتیانی با هم داخل یک جوی نمی‌رود و سرمربی استقلال برای لیگ نهم تغییر خواهد کرد.

این مسئله در قالب گزارشی اختصاصی که خبرورزشی روز پانزدهم اردیبهشت سال ۸۸ یعنی ۹ روز پس از قهرمانی استقلال منتشر کرد، کاملا عیان شد و درست هم از آب درآمد. قلعه‌نویی ترجیح داد پس از قهرمان کردن استقلال، دیگر در این تیم نماند و کمتر از یک ماه پس از انتشار گزارش خبرورزشی، قراردادش با سپاهان را قطعی کرد. او  بعد از فتح لیگ هشتم خطاب به دوستان خودش در استقلال گفته بود «اگر بار گران بودیم رفتیم»!

پس از جدایی قلعه‌نویی، باشگاه استقلال صمد مرفاوی دستیار اول امیر را برای بار دوم به عنوان سرمربی این تیم انتخاب کرد.