فرهاد مجیدی اگرچه چهره بسیار محبوبی میان هواداران استقلال تلقی می‌شود اما گاهی اوقات با کادر مدیریتی استقلال مشکلاتی داشت و بهمن سال ۸۹ این مسئله را به وضوح مشاهده کردیم. علی فتح‌الله‌زاده که از دست مجیدی بابت مسائل مالی ناراحت شده بود، طی مصاحبه‌ای مدعی شد رضایتنامه این بازیکن برای جدایی از استقلال آماده است و همین مسئله فرهاد را بر آن داشت تا پاسخ تندی بدهد.
مجیدی در مصاحبه‌ای که نهم بهمن سال ۸۹ آن را منتشر کردیم، قضیه را به طور کامل باز کرد و گفت: علی فتح‌الله‌زاده به یکی از دوستان من زنگ زد و گفت به فرهاد مجیدی بگو از فردا سر تمرین نیاید او چون رفیق واعظ آشتیانی است برای ما بازی نمی‌کند! پس از این اتفاق سه بار به فتح‌الله‌زاده زنگ زدم اما جوابم را نداد من هم قضیه را به منصور پورحیدری منتقل کردم ولی قبل از اینکه سر تمرین بروم، این خبر آمد که من را ۳۰میلیون تومان جریمه کرده‌اند! اینکه پس از سال‌ها بازی در استقلال به من تهمت بی‌تعصبی می‌زنند اصلا قشنگ نیست. اینکه می‌گویند من به خاطر برگشت خوردن چک خودم قصد ترک استقلال را دارم هم اصلا صحت ندارد. چکی که استقلال به من داده بود هنگامی برگشت خورد که ما در اردوی ترکیه بودیم. اگر می‌خواستم قهر کنم که همان زمان این کار را می‌کردم.
مجیدی در ادامه تصریح کرد: در کمال وقاحت می‌گویند ۷۰ درصد از پول من را داده‌اند در حالی که اصلا این‌طوری نیست. من در مورد استقلال هرگز بازیکن پولکی نبوده‌ام. همین الان قراردادم از چند بازیکن کمتر است و برای این فصل فقط ۳۵۰میلیون تومان گرفته‌ام. هیچ‌وقت برای استقلال دردسر درست نکرده و نمی‌کنم اما برخی آقایان فصل قبل وقتی استقلال می‌باخت به همدیگر پیامک می‌دادند و...
