وقتی در زمستان سال ۹۲ خبر آمد که جواد نکونام قصد جدایی از استقلال را دارد، خیلی‌ها این قضیه را باور نکردند چون جواد بارها گفته بود می‌خواهد در استقلال با فوتبال خداحافظی کند ولی قضیه جدایی او به واقعیت بدل شد و امیر قلعه‌نویی طی مصاحبه‌ای اعلام کرد او به عنوان سرمربی تیم بیشتر از همه بابت جدایی نکونام ضرر کرده است.
بلافاصله پس از همان مصاحبه بود که سرمربی کنونی استقلال سکوتش را شکست و در گفت‌وگوی اختصاصی با خبرورزشی که هشتم بهمن سال ۹۲ منتشر شد، دست به افشاگری زد. نکونام به خبرورزشی گفت: وقتی من همین چند روز قبل از استقلال جدا شدم، یکسری افراد از خوشحالی بشکن می‌زدند! خیلی دوست داشتم در استقلال فوتبالم را تمام کنم اما نگذاشتند. پدرم هم استقلالی است و خیلی دوست داشت چنین اتفاقی رخ بدهد ولی متاسفانه شرایط به‌گونه دیگری جلو رفت. بروید و بپرسید که چرا رفقای آقایان یک سال خدا خدا می‌کردند و آرزو داشتند من از استقلال بروم! همه این اتفاقات رخ داد تا من از استقلال بروم اما حالا برخی افراد از متضرر شدن خودشان می‌گویند! مدت‌ها بود که برخی دوستان محترم می‌گفتند اگر نکونام از استقلال برود، تیم روان‌تر و بهتر و راحت‌تر فوتبال بازی می‌کند! حالا که نکونام از استقلال رفته آیا این تیم تمام بازی‌هایش را با اختلاف چند گل پیروز شده است؟
نکونام ادامه داد: من اگر دنبال پول بودم، همین ابتدای فصل به لیگ قطر می‌رفتم و آقای علی فتح‌الله‌زاده به عنوان مدیرعامل باشگاه کاملا در جریان ماجرا بود بنابراین بهتر است با مردم صادق باشید و حقایق را به آن‌ها بگویید. دلیل خداحافظی من از استقلال فقط و فقط خود شما بودید چون اجازه برخی رفتارها را به اطرافیانتان نمی‌دادم. البته این را هم بگویم که برخلاف شایعات مطرح‌شده، کارلوس کیروش نه‌تنها موافق جدایی من از استقلال نبود بلکه تاکید می‌کرد که حتی اگر تو را در ترکیب ثابت نگذاشتند باز هم بمان چون اگر در استقلال بودم، به محض تعطیلی لیگ می‌توانستم به اردوی تیم ملی ملحق شوم ولی حالا تا اردیبهشت ۹۳ چنین اجازه‌ای را نخواهم داشت.
