علی دایی در دی ماه سال ۱۳۹۵ به واسطه دو مسابقه متوالی مقابل استقلال در چارچوب لیگ برتر و جام حذفی دچار ماجراهای فراوانی شد و حتی کار به انتشار بیانیه از طرف او هم کشید.

اسطوره پرسپولیس که در آن مقطع کمیته انضباطی علیه تیمش حکم صادر کرده بود، با انتقاد تند نسبت به این مسئله، روز ۲۳ دی سال ۹۵گفت: برخی آقایان در فدراسیون فوتبال خودشان را با فیفا مقایسه می‌کنند اما ما از بیستم دی ماه یکی از همین آقایان را که به واسطه پرونده انضباطی باشگاه با او کار داریم، هنوز نتوانسته‌ایم در فدراسیون پیدا کنیم! من واقعا نمی‌دانم این چه حکمی است که علیه نفت تهران داده‌اند! در تیم من اصلا بازیکنی به نام محمدی وجود ندارد اما چنین شخصی در حکم آقایان از تیم نفت تهران محروم شده است (همان داستان مصاحبه تلویزیونی معروف که علی دایی گفت محمدی نامی را از تیم نفت محروم کرده‌اند)؛ البته آقایان مطمئن باشند که حتی تا هزار سال دیگر نیز نمی‌توانند صدای من را خاموش کنند. من حتی برای آقای تاج به عنوان رئیس فدراسیون هم متاسفم چون ریاست بر فدراسیون فوتبال صرفا نشستن روی صندلی نیست.

علی دایی در ادامه با اشاره به کلیپی از علی چینی به عنوان یکی از اعضای کادر فنی استقلال در بین دو نیمه بازی استقلال- نفت با داور بازی اضافه کرد: اگر چنین صحنه‌ای در فوتبال اروپا رخ می‌داد ۶ ماه محرومیت در انتظار مربی بود اما در ایران...