صمد مرفاوی در دو مقطع هدایت استقلال را بر عهده گرفت و اتفاقات بسیار زیادی را در این تیم به چشم دید. ملی‌پوش بزرگ آبی‌ها در نیمه دوم دهه ۶۰ و اوایل دهه ۷۰، اواخر تابستان سال ۸۸ پس از جدایی امیر قلعه‌نویی، برای مرتبه دوم سرمربی استقلال شد و تا هفته‌های پایانی لیگ نهم شانس کسب عنوان قهرمانی را داشت. مرفاوی البته در طول آن فصل چند بار با بازیکنانش اصطکاک داشت که یکی از آن‌ها روز ۲۵ آبان سال ۱۳۸۸ در خبرورزشی بازتاب پیدا کرد.

از قرار معلوم هنگامی که بازیکنان استقلال مشغول گرم کردن بودند، شکل دویدن پژمان منتظری باعث تعجب و اعتراض صمد مرفاوی شد و او با صدای بلند خطاب به ملی‌پوش آن زمان استقلال گفت: چرا این‌طوری تمرین می‌کنی پژمان؟ اگر خسته‌ای اصلا تمرین نکن! منتظری هم جواب داد: بله آقا! خسته‌ام. در این مدت فشار زیادی روی ما بوده و استرس زیادی را تحمل کردیم. مرفاوی هم در پاسخ به او گفت: برو رختکن. اصلا نمی‌خواهد تمرین کنی!

صمد مرفاوی در هفته‌های پایانی آن فصل هم با فرهاد مجیدی دچار مشکل شد ولی قضیه با دخالت مدیران باشگاه و مرحوم ناصر حجازی خیلی زود حل و فصل گردید.