وقتی پرسپولیس در تابستان سال ۹۱ مانوئل ژوزه را به خدمت گرفت، بسیاری از رسانه‌ها هشدار دادند که اگر شکل رفتار او با کارلوس کیروش مدیریت نشود پرسپولیس به زودی دچار مشکلات بزرگی خواهد شد چون اختلافات میان این دو سرمربی پرتغالی از سال‌های قبل وجود داشت و رسانه‌های آن کشور بارها در موردش نوشته بودند. اتفاقا این اتفاق دقیقا به وقوع پیوست و کیروش با ژوزه وارد جنگ لفظی شد؛ تقابلی که هنوز هم نمی‌توان مقصر اصلی را تشخیص داد اما دردسرش برای پرسپولیس و تیم ملی بود.
مانوئل ژوزه روز سیزدهم مهر ماه سال ۱۳۹۱ در حالی که تقابلش با هم‌وطن خود به اوج رسیده بود، طی یک مصاحبه مفصل و بسیار جنجالی با خبرورزشی به‌شدت از کارلوس کیروش انتقاد کرد و در بخش‌هایی از آن گفت: همه مشکلات پرسپولیس زیر سر کارلوس کیروش است. همه دردسرهای تیم من زیر سر این آقا است. او اصلا از شکست خوردن پرسپولیس با هدایت من خوشحال می‌شود به همین خاطر کارهایی می‌کند تا تیمم را بر هم بریزد. برای مثال علی کریمی را در ترکیب اصلی نمی‌گذارم اما او این بازیکن را به تیم ملی دعوت می‌کند و با همین کار موجب می‌شود تا کریمی با من بد شود. البته علی کریمی در مقطعی به من خیانت کرد؛ او پس از بازی با صنعت نفت به زبان فارسی داخل رختکن گفت باید یک مربی دیگر بیاوریم. این حرکات قشنگ نیستند.
مانوئل ژوزه در ادامه به شایط برنامه‌ریزی فوتبال ایران هم اشاره کرد و دست روی مشکلی گذاشت که هنوز هم وجود دارد و گفت: واقعیت امر این است که این شکل برنامه‌ریزی برای برگزاری رقابت‌های لیگ برتر و جام حذفی واقعا افتضاح است. چنین برنامه‌ریزی اصلاً درست نیست.
سرمربی وقت پرسپولیس همچنین با تاکید بر این‌که پیشکسوتان این باشگاه با او خوب نیستند، ادامه داد: واقعیت این است که بخش زیادی از پیشکسوتان پرسپولیس با من خوب نیستند. سال‌ها مربیگری کرده‌ام اما هرگز چیزی به نام کمیته فنی ندیده و در چنین جلسه‌ای حضور پیدا نکرده‌ام. الان هم اگر یحیی گل‌محمدی را به عنوان دستیار آورده‌ام، برای این است که می‌خواهم شناخت کادر فنی و خودم را از بازیکنان ایرانی افزایش بدهم و کسی را آورده‌ام که در طول مسابقات به من خیانت نکند.
