داستان اختلاف امیر قلعه‌نویی با مدیران استقلال در مهر سال ۸۸ به اوج خود رسیده بود و این مربی که خرداد همان سال پس از قهرمانی آبی‌پوشان ترجیح داد از این تیم جدا شود، در آن مقطع مرتب به ادعای کادر مدیریتی استقلال جواب می‌داد.
امیر طی مصاحبه‌ای که ۲۵ مهر سال ۱۳۸۸ آن را منتشر کردیم، با اشاره به بیانیه باشگاه استقلال و کنایه‌هایی که در آن مطرح شده بود، گفت: به نظر من طرز تفکر آقایان اشتباه است و با کسی که طی ۱۲ ماه توانسته دو قهرمانی برای استقلال کسب کند نباید این‌طور برخورد می‌شد. من خودم در ابتدای فصل تابستان سال ۸۸ ترجیح دادم با آقایان کار نکنم چون در مدیریت استقلال اخلاق و معرفت ندیدم.
سرمربی کنونی تیم ملی که در آن مقطع هدایت سپاهان را بر عهده داشت، در ادامه مصاحبه حرف جالبی هم بر زبان آورد و تصریح کرد: من از استقلال برای فصل قبل فقط ۲۰۰میلیون تومان دریافت کردم و مابقی دستمزدم چک‌هایی است که از باشگاه گرفته‌ام. امیدوارم چک استقلال پول شود و برگشت نخورد.
