امیر قلعه نویی اوایل خرداد سال ۱۳۹۱ دوباره به استقلال برگشت و سرمربی این تیم شد. این اتفاق در آن سال به شکلی عجیب به وقوع پیوست چون علی فتحاللهزاده مدیرعامل وقت استقلال در آن مقطع با وزیر ورزش راهی ترکیه شده بود اما هیئت مدیره باشگاه استقلال تشکیل جلسه داد و سرمربی جدید انتخاب کرد!
در همان زمان مشخص شد احمد رسولینژاد، رئیس وقت هیئت مدیره باشگاه استقلال همراه با مقداد نجفنژاد یکی از اعضای این هیئت به منزل امیر قلعهنویی رفتند و با او توافق کردند چون رسولینژاد پس از این جلسه به سایر مدیران باشگاه استقلال اعلام کرد امیر قلعهنویی به او قول داده که استقلال را نهتنها در لیگ برتر بلکه در لیگ قهرمانان آسیا نیز به مقام قهرمانی میرساند.
دقیقا پس از انتخاب امیر به عنوان سرمربی جدید استقلال بود که جواد زرینچه یکی از اعضای آن زمان هیئت مدیره باشگاه استقلال از سمت خود کنارهگیری کرد. البته قلعهنویی توانست استقلال را قهرمان لیگ دوازدهم بکند ولی پروژه فتح آسیا به موفقیت نرسید و استقلال در لیگ قهرمانان فصل ۲۰۱۳ تا مرحله نیمه نهایی بالا رفت.