استقلال از اواخر شهریور سال ۱۳۷۶ امیر قلعه‌نویی را به عنوان دستیار در کنار ناصر حجازی فقید می‌دید. مردانی که به گفته خود قلعه‌نویی سنخیتی با یکدیگر نداشتند و اصلا قرار بود امیر در پاییز سال ۷۶ برای سپری کردن یک دوره مربیگری راهی اروپا شود ولی علی فتح‌الله‌زاده مدیرعامل وقت آبی‌پوشان توانست این دو نفر را به هم نزدیک کند و اتفاقا زوج حجازی و قلعه‌نویی نتایج خوبی هم گرفتند. آن‌ها در حالی استقلال را قهرمان لیگ آزادگان در فصل ۷۶-۷۷ کردند که این تیم ۲۴ هفته شکست نخورد و علاوه بر آن قهرمان جام پرچم ترکمنستان هم شد؛ ولی از تابستان سال ۷۷ و پس از مسجل شدن قهرمانی آبی‌پوشان، اختلافات میان حجازی و سرمربی کنونی تیم ملی آغاز و به مرور بیشتر شد طوری که ناصرخان در ۲۲ بهمن سال ۱۳۷۷ و به فاصله کمتر از ۱۵ روز مانده به آغاز مرحله یک‌چهارم نهایی جام باشگاه‌های آسیا که در آن‌زمان به صورت متمرکز به میزبانی باشگاه العین امارات برگزار میشد، قلعه‌نویی را برکنار کرد و علاوه بر آن حمید ملک‌احمدی را هم کنار گذاشت تا اصغر حاجیلو و مرتضی محصص به جمع اعضای کادر فنی آبی‌پوشان پایتخت اضافه شوند.
این اتفاق را به نوعی می‌توان تنها اخراج تمام دوران مربیگری قلعه‌نویی تلقی کرد چون پس از آن با هر باشگاهی که قطع همکاری کرد، یا قراردادش تمام شده بود یا اینکه خودش با کادر مدیریت برای فصل بعدی به توافق نرسید.
قلعه‌نویی اوایل بهار سال ۱۳۷۸ با هماهنگی علی فتح‌الله‌زاده راهی آلمان شد و به مدت ۳ هفته تمرینات بایر لورکوزن را زیر نظر گرفت. او در نهایت خرداد ماه سال ۱۳۸۱ به یکی از بزرگترین آرزوهای ورزشی خود دست یافت و برای اولین مرتبه تحت عنوان سرمربی روی نیمکت استقلال نشست.
