مجتبی جباری برای هواداران استقلال نامی فراموش‌نشدنی تلقی می‌شود. بازیکنی که از تیم‌های پایه این باشگاه مطرح شد و خودش را به بالاترین سطح فوتبال کشورمان رساند اما در سال ۱۳۹۶ با برخورد عجیب باشگاه استقلال مواجه شد و نامش را از فهرست تیم کنار گذاشتند.
او که اواخر تابستان آن سال در روزهای پایانی سرمربی گری علیرضا منصوریان به دلایل انضباطی و اختلاف با سرمربی کنار گذاشته شده بود، در دوره شفر به طور کامل از لیست کنار رفت. جباری در مصاحبه‌ای که ۲۷ دی سال ۹۶ با خبرورزشی انجام داد، با تاکید بر بی‌اطلاعی سرمربی آلمانی وقت استقلال از این ماجرا به ما گفت: در واقع شفر از داستان من خبر نداشت و به همین خاطر یک روز زنگ زد و به منزلمان آمد. ما با هم ناهار خوردیم و من قضایای دوران منصوریان و ماجرایی که موجب کنار گذاشتنم شد را به طور کامل برایش توضیح دادم او از تعجب هاج و واج مانده بود. در واقع باید این طور بگویم که من قربانی توافق علیرضا منصوریان و رضا افتخاری (مدیرعامل وقت باشگاه استقلال) شدم؛ منصوریان می‌خواست رحمتی را کنار بگذارد و افتخاری هم اصرار داشت من در تیم نباشم! در نهایت آن‌ها با هم توافق کردند. البته مشکل رحمتی حل شد ولی من را برنگرداندند!
جباری در ادامه تصریح کرد: وقتی برای برگزاری اردوی پیش‌فصل راهی ارمنستان شده بودیم، فهمیدم که بندی در قراردادم وجود دارد که به موجب آن باشگاه اگر از عملکرد من راضی نباشد می‌تواند آن را فسخ کند! آقای توفیقی یکی از مدیران باشگاه استقلال با صراحت گفته بود چنین بندی در قرارداد مجتبی جباری وجود دارد. البته این بند عملا غیرقانونی بود و علیرضا منصوریان هم گفت پس از رسیدن به تهران قضیه را پیگیری می‌کند و چنین بندی حذف می‌شود اما در نهایت من را از فهرست استقلال کنار گذاشتند!
