تیم ملی فوتبال کشورمان اواخر آذر ماه سال ۱۳۸۹ در حال آماده شدن برای حضور در جام ملت‌های ۲۰۱۱ قطر بود. در آن مقطع افشین قطبی هدایت تیم ملی را بر عهده داشت و قرار شد کریم باقری هم برای روحیه دادن به ملی‌پوشان در کنار این تیم حاضر باشد.
در چنین شرایطی خبر آمد که قطبی با باشگاه شیمیزو ژاپن برای بعد از جام ملت‌ها به توافق رسیده و از بهمن ۸۹ دیگر سرمربی تیم ملی ایران نخواهد بود. در همین خصوص کریم باقری که تا چند ماه قبل یکی از اعضای کادر فنی پرسپولیس محسوب می‌شد، روز ۲۷ آذر سال ۸۹ در مصاحبه با خبرورزشی با صراحت از شرایط آماده‌سازی تیم ملی انتقاد کرد و مدعی شد باید به تیمی که می‌خواهد با نام ایران در جام ملت‌های آسیا شرکت کند بیش از پیش توجه شود.
او همچنین در واکنش به قرارداد قطبی با ژاپنی‌ها هم تصریح کرد: همه می‌دانند فدراسیون فوتبال برای بعد از جام ملت‌ها به دنبال یک سرمربی خارجی است؛ حتی یک بچه ۵ ساله هم حالا دیگر این واقعیت را می‌داند بنابراین طبیعی است که قطبی هم به فکر خودش باشد.
البته حرف آقا کریم کاملا درست از آب درآمد چون چند ماه بعد از جام ملت‌ها کارلوس کیروش به عنوان سرمربی ایران انتخاب شد.
