هرچند دیدارهای تیم‌هایی که امیر قلعه‌نویی هدایت آن‌ها را بر عهده داشت مقابل استقلال فرهاد مجیدی طی چند سال گذشته فوق‌العاده جنجالی از آب در آمد، ولی سرمربی کنونی تیم ملی ۱۱ سال قبل در روز بیستم آذر ماه سال ۹۱ حمایت ویژه و قاطعانه‌ای از فرهاد برای برگشتن به استقلال انجام داده بود.
قلعه‌نویی در آن روز با خبرورزشی به صورت اختصاصی مصاحبه کرد و با استقبال از احتمال برگشتن فرهاد مجیدی گفت: من آدمی نیستم که اگر ببینم وقوع یک اتفاق به نفع استقلال است و بازیکنی می‌تواند به این تیم کمک کرده و مایه خرسندی هوادارانش بشود، مانع از تحقق چنین امری شوم. گفته بودم مشکلی با برگشتن فرهاد مجیدی ندارم و الان هم از آن استقبال می‌کنم. اصلا استقلال جای فرهادمجیدی‌هاست. امیدوارم حالا که می‌خواهد به جمع ما برگردد شرایط برایش محقق شود.
فرهاد مجیدی در نهایت چند روز پس از این مصاحبه امیر دوباره به استقلال برگشت و با این تیم قهرمان دوازدهمین دوره پیکارهای لیگ برتر شد. او در پاییز سال ۹۲ با پیراهن استقلال برای همیشه با دنیای بازیگری وداع کرد.
