بدون شک برانکو ایوانکوویچ را نمیتوان از پازل فوتبال ایران حذف کرد. مردی که در عرصه ملی با تیم ایران به افتخارات شمندی دست یافت؛ از صعود به جام جهانی ۲۰۰۶ آلمان گرفته تا قهرمانی در بازیهای آسیایی ۲۰۰۲ بوسان و البته سومی در جام ملتهای ۲۰۰۴ چین. البته این همه افتخارات برانکو در فوتبال ایران نیست و نباید فراموش کنیم که او با پرسپولیس هم کارنامه فوقالعادهای از خود بر جای گذاشته است اما قبل از اینکه هدایت سرخپوشان تهرانی را بر عهده بگیرد، سرمربی تیم ملی فوتبال کشورمان بود و دوره پرفراز و نشیبی را سپری کرد.
برانکو پس از قهرمان کردن ایران در بازیهای آسیایی بوسان حاضر نشد پیشنهاد فدراسیون مبنی بر هدایت همزمان تیم ملی امید و بزرگسالان را بپذیرد. در آن مقطع فدراسیون فوتبال به واسطه استعفای محسن صفایی فراهانی رئیس نداشت و برانکو هم با محمد دادکان، سرپرست وقت فدراسیون به توافق نرسید و در روزهای پایانی پاییز سال ۱۳۸۱ ایران را ترک کرد تا همایون شاهرخی سرمربی تیم ملی بزرگسالان شود و تیم ملی امید هم به محمد مایلیکهن برسد. شاهرخی در مقام سرمربی تیم ملی نتایج چندان خوبی نگرفت؛ شکست خانگی مقابل عراق در یک دیدار دوستانه و ناکامی برابر اردن در پیکارهای انتخابی جامع ملتهای ۲۰۰۴ موجب شد انتقاد از فدراسیون بالا بگیرد و سرانجام با ناکامی مقابل اردن در شهر امان، زمینه برای بازگشت برانکو فراهم شد.
در روز ششم مهرماه سال ۱۳۸۲ فدراسیون رسما اعلام کرد برانکو ایوانکوویچ برای هدایت تیم ملی بزرگسالان وارد تهران میشود و او آمد تا یک دوره تقریبا سه ساله را روی نیمکت ایران سپری کند.