کریم باقری در تیم ملی کاری مدیریتی داشت. او باید بازیکنان را کنترل می‌کرد تا ماجرای اتوبوس تیم ملی و کنعانی زادگان تکرار نشود.
با آمدن کیروش اما بازیکنان تیم ملی اصلا جرات نمی کنند بی نظمی کنند و حاشیه بسازند.طی ۸ سالی که کیروش سرمربی تیم ملی بود یک بازیکن جرات نکرد مثلا به تعویض شدنش اعتراض کند و طبعا الان هم بازیکنان نظم اردو را رعایت می کنند.به همین دلیل هم نیازی به حضور کریم باقری در تیم ملی نبود و او خودش با درک این مسئله تصمیم به استعفا گرفت. البته باقری جزو دستیاران معتمد اسکوچیچ بود و طبیعی بود که برود اما واقعیت این است که او کار فنی خاصی در تیم ملی انجام نمی داد و بیشتر نقش مدیریتی و کنترل بازیکنان را داشت که خب به طور طبیعی خود کیروش این کار را انجام می دهد.
کارلوس کیروش مثل همیشه دستیاران خود را دارد و با هر مربی ای کار نمی‌کند فعلا که فولاد خوزستان هم گفته جواد نکونام را به تیم ملی نمی‌دهد اما نظر کیروش روی او مثبت است.
