لیگ فوتبال و جام حذفی با اعلام جنگ در سال ۱۹۳۹ متوقف شدند اما این تازه شروع ماجرای دیگری بود.

هنگامی که فصل ۴۰-۱۹۳۹ لیگ فوتبال در روز شنبه ۲۶ آگوست ۱۹۳۹ آغاز شد، بازیکنان برای اولین بار پیراهن‌های شماره‌دار پوشیدند. تغییرات بزرگ‌تری در راه بود. آلمان جمعه بعدی به لهستان حمله کرد و جام حذفی پس از اعلام جنگ در ۳ سپتامبر متوقف شد. این اقدام پس از سه دور بازی صورت گرفت؛ بلکپول تنها رکورد ۱۰۰ درصدی را در لیگ برتر به خود اختصاص داد و لیدز که موفق به زدن گل نشده بود در انتهای جدول قرار گرفت.

باشگاه‌ها چند بازی دوستانه ترتیب دادند، اما وقتی بمب‌گذاری‌های تهدید شده محقق نشد، دوباره عطشِ فوتبال رقابتی ظاهر شد و وزارت کشور با تجدید ساختار فوتبال موافقت کرد. استون‌ویلا و دربی کانتی در میان ۱۲ باشگاهی بودند که به دلیل اینکه بسیاری از بازیکنان آن‌ها برای نیروهای مسلح نام‌نویسی کردند، کنار رفتند.

۸۲ باشگاهِ باقی مانده لیگ فوتبال در ۱۰ لیگ منطقه‌ای توزیع شدند و فوتبال دوباره در ۲۸ اکتبر شروع شد. تنها اتفاق مختصری که رخ داد در گریمزبی بود که بازی آن‌ها با منسفیلد به دلیل هشدار حمله هوایی ۳۰ دقیقه به تاخیر افتاد. شعاع ۵۰ مایلی برای هر بازی اعمال شد و جمعیت به ۸۰۰۰ نفر محدود شد، اگرچه این محدودیت‌ها به مرور زمان کاهش یافت.

در کنار لیگ‌های مختلف، جام جنگ در آوریل ۱۹۴۰ معرفی شد. در شاهکار سازمانی فوق‌العاده‌ای در این مسابقات ۱۳۷ بازی تنها در ۹ هفته به صورت فشرده اجرا شد. محدودیت جمعیت برای دوره‌های بعدی برداشته شد و به ۴۲۳۹۹ نفر این شانس داده شد که شاهد پیروزی وستهم بر بلکبرن با نتیجه ۱-۰ در روز فینال باشند. بازی در ساعت ۱۸:۳۰ روز ۸ ژوئن چند روز پس از اتمام تخلیه از دانکرک آغاز شد. تعداد معدودی از سربازانی که از شمال فرانسه نجات یافته بودند در این مسابقه شرکت کردند و این موضوع انگیزه بیشتری به مردم داد.

۱۹۴۰-۱۹۴۱
با آغاز فصل ۴۱-۱۹۴۰ نبرد بریتانیا در هوا بیداد می‌کرد و بمباران باعث آسیب‌های عمده و تلفات جانی در زمین می‌شد. کاونتری و شفیلد در اواخر سال ۱۹۴۰ مورد هدف قرار گرفتند و جاده هایفیلد به حدی آسیب دید که کاونتری‌سیتی مجبور به خروج از لیگ شد. بعد از اینکه برامال لین از میادین خارج شد، شفیلد یونایتد مجبور شد در هیلزبورو بازی کند.

این تنها باری نبود که دو تیم مجبور به استفاده از یک زمین شدند. هایبری به پایگاه حمله هوایی تبدیل شد، به این معنی که آرسنال باید در وایت هارت لین بازی می‌کرد؛ بازگشت به آنچه که در جنگ جهانی اول رخ داده بود. منچستریونایتد هم مجبور شد تا به زمین همسایگان خود نقل مکان کند. اولدترافورد در مارس ۱۹۴۱ آسیب زیادی دید و هشت و نیم سال طول کشید تا بتواند مجدداً میزبان رقابت‌ها باشد. بزرگ‌ترین حضور در این باشگاه برای یک بازی خانگی در لیگ هنوز هم جمعیت ۸۳۲۶۰ نفری است که در ژانویه ۱۹۴۸ بازی آن‌ها با آرسنال در مِین‌رود را تماشا کردند.

با وجود هواداران زیادشان، نه یونایتد و نه سیتی نتوانستند در فصل ۴۱-۱۹۴۰ پا به پای پرستون بیایند. لیگ فوتبال به دو منطقه شمالی و جنوبی تقسیم شد و با توجه به اینکه باشگاه‌ها در تعداد بازی‌ها با هم تفاوت داشتند، جدول به جای امتیاز بر اساس میانگین گل‌ها مرتب شد. با وجود اینکه چسترفیلد (که شش بازی بیشتر انجام داده بود) امتیاز بیشتری کسب کرد، پرستون در نهایت قهرمان لیگ شد.

پرستون با غلبه بر آرسنال در فینال کاپ جنگ، دبل کرد. تام فینی و بیل شنکلی هر دو برای پرستون بازی کردند و برادران کامپتون هر دو در تیم آرسنال بودند. اگرچه ۶۰۰۰۰ نفر برای دیدار پرستون و آرسنال در ومبلی حضور داشتند و ۷۸۰۰۰ تماشاگر هم شاهد شکست اسکاتلند توسط انگلیس در همپدن پارک بودند، تعداد تماشاگران رو به کاهش بود و مجموع ۲٫۸ میلیون نفر بسیار کمتر از ۵٫۴ میلیون نفری بود که در فصل قبل بازی‌ها را تماشا کرده بودند.

«جام جنگ» تنها رقابت جدید نبود. در ژانویه ۱۹۴۱، دوازده باشگاه «جام جنگ لندن» را آغاز کردند که باعث ناراحتی لیگ و سایر باشگاه‌های جنوبی، مانند پورتسموث شد که در این لیگ حضور نداشتند. به طرز عجیبی، ردینگ مشمول بودن در این جام شد و در نهایت برنده شدند و برنتفورد را در فینال شکست دادند.

۱۹۴۱-۱۹۴۲
پس از راه‌اندازی جام جدایی، باشگاه‌های لندن تصمیم گرفتند به تنهایی با یک لیگ لندن در فصل ۴۲-۱۹۴۱ پیش بروند، که این بار شامل پورتسموث هم شد. باشگاه‌های شورشی توسط لیگ فوتبال اخراج شدند. آرسنال قهرمان لیگ شد و برنتفورد فینال جام لندن را با حضور نزدیک به ۷۰۰۰۰ هوادار در ومبلی برد. پیروزی آن‌ها باعث شد در لیگ نوظهور «جام برندگان جام» راه پیدا کنند، به همراه ولورهمپتون که ساندرلند را در جام جنگ فوتبال شکست داده بود.

۱۹۴۲-۱۹۴۳
در سال‌های ۴۳-۱۹۴۲، لیگ فوتبال دوباره کنترل تقویم فوتبال را به دست گرفت. باشگاه‌های لندن مجدداً پذیرفته شدند و بخشی از لیگ ۱۸ باشگاهی جنوب را تشکیل دادند که شامل چند تیم آماتور نیز بود. فصل به دو قسمت تقسیم شد، عنوان اول از آگوست تا روز کریسمس و دومی از باکسینگ‌دِی (فردای روز کریسمس) تا ماه مِی به طول می‌انجامید. لیورپول در بهار ۱۹۴۳ قهرمان لیگ شمال شد، اما این نایب قهرمانان بودند که شیرین‌ترین داستان فوتبال دوران جنگ را ساختند.

ظهور تیمی از کارگران یک کارخانه شیرینی‌سازی در نیوپورت خارق‌العاده بود اما شاهکار آن‌ها ادامه نیافت. لاولز اتلتیک فصل قبل قهرمان لیگ و جام حذفی غرب شده بود. لاولز در فصل ۱۹۴۳ بالاتر از هر دو باشگاه منچستر و استون ویلا ایستاد و همچنین به فینال جام حذفی غرب رسید که در مجموع بازی رفت و برگشت با نتیجه ۷-۶ از سوانزی تاون شکست خورد.

۱۹۴۳-۱۹۴۴
یک تیم آماتور دیگر در فصل بعدی از لاولز پیشی گرفت. بَث سیتی در بهار ۱۹۴۴ قهرمان لیگ شمالی شد و فصل را به گونه‌ای تمام کرد که با رکسام در امتیاز برابر بود اما از نظر میانگین گل بالاتر از آنها قرار گرفت. برای بث که سال‌ها تلاش می‌کرد به لیگ فوتبال بپیوندد، این نوعی رستگاری تلقی می‌شد. آن‌ها همچنین در سال ۱۹۴۵ آخرین جام غرب لیگ فوتبال را به‌دست آوردند، اما پس از پایان جنگ پاداش هر دو باشگاه برای دستاوردهای‌شان این بود که از لیگ بیرون فرستاده شوند. باشگاه لاولز سرانجام در سال ۱۹۶۹ منحل شد.

تعداد جمعیت همچنان بالا می‌رفت. ۸۵۰۰۰ نفر در ومبلی برای تماشای پیروزی ۳-۱ چارلتون بر چلسی در جام جنگ جنوبی حاضر شدند؛ از جمله مهمان افتخاری دوایت آیزنهاور، ژنرال ارتش که در دهه آینده به عنوان رئیس جمهور ایالات متحده انتخاب شد. آیزنهاور نمی‌دانست از چه کسی حمایت کند. او پس از بازی به خبرنگاران گفت: «من شروع به تشویق آبی‌ها کردم، اما وقتی دیدم قرمزها برنده شدند مجبور شدم آن‌ها را تشویق کنم.» آیزنهاور تنها رهبر نظامی نبود که در یک بازی بزرگ شرکت کرد. ژنرال مونتگومری در بین ۱۳۳۰۰۰ تماشاگر در همپدن پارک بود تا شکست اسکاتلند از انگلیس را در آوریل ۱۹۴۵ تماشا کند.

۱۹۴۴-۱۹۴۵
در فصلی که آخرین فصل زمان جنگ بود، در سال‌های ۴۵-۱۹۴۴، تعداد تماشاگران به طور قابل توجهی افزایش یافت و در مجموع به ۱۰٫۳ میلیون نفر رسید. فینال‌ جام‌های مختلف جمعیت زیادی را به خود جلب کرد. در فینال جام شمالی بین منچستریونایتد و بولتون بیش از ۹۸۰۰۰ نفر در دو بازی به تماشا نشستند و فینال جنوبی در ومبلی بین میلوال و چلسی با ۹۰۰۰۰ طرفدار همراه شد؛ بزرگ‌ترین جمعیت در زمان جنگ برای یک بازی باشگاهی.

جام برندگان جام بین بولتون و چلسی چند هفته پس از روز VE (روز پیروزی در اروپا) در ماه ژوئن برگزار شد. پیروزی ۲-۱ بولتون آن‌ها را به آخرین برنده جام جنگ تبدیل کرد و آن روز در واقع روز جشنی برای همه در استمفوردبریج بود.

۱۹۴۵-۱۹۴۶
در فصل ۴۶-۱۹۴۵ لیگ فوتبال تقریباً نرمال شد، اگرچه هنوز لیگ به صورت منطقه‌ای با ۲۲ باشگاه در هریک از بخش‌های شمالی و جنوبی برگزار می‌شد. دسته سوم حتی به چهار منطقه تقسیم می‌شد؛ شرق، غرب، شمال و جنوب تیمز. جام حذفی هم مجدداً معرفی شد.

جمعیت همچنان رو به افزایش بود و فوتبال بعد از جنگ رونق بیشتری گرفت. اوج لیگ فوتبال در سال‌های ۴۹-۱۹۴۸ بود که تعداد تماشاگران به ۴۱ میلیون نفر رسیده بود. برای درک بهتر این موضوع در نظر داشته باشید که فصل گذشته مجموع تماشاگران لیگ برتر و لیگ چمپیونشیپ کمتر از ۳۳ میلیون نفر بود. در نهایت، به عنوان موضوعی دلگرم کننده برای هواداران لیورپول، زمانی که ساختار قدیمی ۴ بخشی که در فصل ۴۰-۱۹۳۹ شروع شده بود در فصل ۴۷-۱۹۴۶ مجدداً معرفی شد، قرمزها با یک امتیاز بیشتر منچستریونایتد را شکست دادند و به قهرمانیِ بخش اول رسیدند.