کریم باقری همیشه با صراحت حرف‌هایش را در مورد پرسپولیس و تیم ملی بر زبان آورده است. او حتی گاهی اوقات هنگامی که خودش هم در این تیم‌ها حضور داشت، از بیان انتقادات واهمه‌ای به دل راه نمی‌داد.

آقا کریم ۲۴ تیر سال ۱۳۹۲ در روزهایی که علی دایی تازه هدایت این تیم را بر عهده گرفته و جانشین یحیی گل‌محمدی شده بود، با تاکید بر این‌که سرمربی جدید با تفکرات خودش یار گرفته و در یارگیری ابتدای فصل صرفا روی اسامی بزرگ متمرکز نشده، به خبرورزشی گفت: پرسپولیس پارسال این همه بازیکن اسمی گرفت اما هیچی نشد به همین خاطر معتقدم مربی باید بر اساس نظر، سیستم و صلاحدید خود بازیکن بگیرد. همان کاری که الان علی دایی انجام می‌دهد.

باقری در ادامه این مصاحبه با اشاره به این‌که هنوز مشخص نیست تحت عنوان مربی کنار سرخ‌پوشان قرار خواهد گرفت یا خیر، تصریح کرد: من نه مربی‌گری کردم و نه تجربه آن را دارم. الان هم پرسپولیس را تمرین نمی‌دهم چون تمام کارهای اصلی را سرمربی انجام می‌دهد.

این مصاحبه زمانی انجام شد که اتومبیل‌های گران‌قیمت بازیکنان به سوژه مهمی در جامعه تبدیل شده بود اما باقری با انتقاد از این مسئله ادامه داد: من فکر می‌کنم به کسی ربطی ندارد کدام فوتبالیست با چه ماشینی سر تمرین می‌آید. بازیکن که زورکی پول نمی‌گیرد بلکه این پول‌ها را به او می‌دهند. الان ماشالله همه به خودشان اجازه می‌دهند از فوتبالیست‌ها انتقاد کنند و به قول معروف هر کس از خانه‌اش قهر کرده، به فوتبال تیکه می‌اندازد. اصلا به کسی ربطی ندارد فوتبالیست‌ها پورشه یا مازراتی سوار می‌شوند. این‌که می‌گویند دستمزد بازیکنان زیاد است هم مسئله‌ای است که به فوتبالیست‌ها ربطی ندارد و آن‌ها مقصر نیستند بلکه مدیران می‌توانند این پول‌ها را به بازیکنانی که از نظر شما متوسط هستند، ندهند.