برخلاف لیگ هفدهم که حضور وینفرد شفر برای استقلال سرمنشا اوج‌گیری و کسب نتایج مطلوب بود، این مربی در هجدهمین دوره رقابت‌های لیگ برتر اصلا انتظارات استقلالی‌ها را برآورده نکرد.
استقلال در پاییز ۱۳۹۷ از گردونه پیکارهای جام حذفی کنار رفت، دربی برگشت لیگ هجدهم را در یک دیدار جنجالی به پرسپولیس واگذار کرد و استارت امیدوارکننده‌ای نیز در لیگ قهرمانان آسیای فصل ۲۰۱۹ نداشت به همین خاطر اعضای کادر مدیریتی و گروهی از هواداران استقلال از سرمربی آلمانی خودشان رضایت نداشتند.
در چنین شرایطی آبی‌پوشان پایتخت راهی مشهد شدند تا به مصاف پدیده بروند. استقلال آن مسابقه را به میزبان خود واگذار کرد و ساعاتی پس از این شکست، جلسه فوق‌العاده گروهی از مدیران باشگاه استقلال در مشهد آغاز شد و در نهایت حکم بر این گردید که وینفرد شفر از سمت خودش برکنار شود! اتفاقی که هشتم اردیبهشت سال ۱۳۹۸ به وقوع پیوست و بلافاصله پس از آن فرهاد مجیدی برای اولین بار در زندگی خود سمت سرمربی‌گری استقلال را بر عهده گرفت.
شفر بعدا طی مصاحبه‌ای پیرامون ساعات منجر به برکناری خودش گفت: مدیران باشگاه جلسه گذاشتند و با برخی از همکاران خودشان در تهران نیز به صورت تلفنی صحبت کردند؛ نتیجه این کار تغییر سرمربی بود و قضیه را به من هم ابلاغ کردند. به هر حال چنین اتفاقاتی در دنیای فوتبال رخ می‌دهد. هنگامی که می‌خواستیم به سوی تهران پرواز کنیم، همه با هم داخل یک هواپیما بودیم ولی در فرودگاه شنیدم که همان‌جا در مشهد به فرهاد مجیدی سرمربی‌گری استقلال را ابلاغ کرده‌اند. من با این قضیه هم مشکل نداشتم چون به هر حال مدیریت باشگاه این اختیار را دارد که برای نیمکت تیمش تصمیم بگیرد اما اتفاق تلخ برایم پس از رسیدن به تهران به وقوع پیوست. دستمزدم را نگرفته بودم و منتظر بودم تا استقلالی‌ها پولم را بدهند اما چنین کاری را نکردند. علاوه بر من، دستیاران و پسرم هم از باشگاه طلبکار بودند ولی با این وجود ترجیح دادم همراه با آن‌ها سر تمرین استقلال حاضر شوم و از شاگردانم خداحافظی کنم. دلم می‌خواست بعد از خداحافظی با آن‌ها به آلمان برگردم و پرونده‌ام با استقلال نیز به شکل دوستانه‌ای بسته شود اما به من اجازه اینکه حتی با شاگردانم خداحافظی بکنم را هم ندادند و وقتی به مجموعه‌ای رفتم که استقلال آن‌جا تمرین میکرد، گفتند اجازه ورود نداری! این رفتار واقعا من را عصبانی کرد و دلم را شکست!
حدودا دو ماه پس از برکناری، شفر پرونده شکایت خود از استقلال را به جریان انداخت و در سال ۱۳۹۹ تمام مطالباتش را همراه با غرامتش بدون حتی یک دلار تخفیف به استقلال، دریافت کرد.
