پس از اتفاقات حاشیه‌ای که طی جدال استقلال و سایپا در ۲۷ فروردین سال ۸۸ به وقوع پیوست، محمد مایلی‌کهن که در آن مقطع به صورت همزمان هدایت سایپا و تیم ملی را بر عهده داشت به صورت جدی علیه امیر قلعه‌نویی موضع گرفت و حرف‌های تندی را در مورد او بر زبان آورد.
خبرورزشی ۳۰ فروردین سال ۸۸ مصاحبه‌ای از امیر قلعه‌نویی را منعکس کرد که طی آن سرمربی وقت استقلال در مورد حرف‌های مایلی کهن گفته بود: این آقا همیشه حرف بیربط زیاد می‌زند بنابراین دلیلی ندارد که توجهی به صحبت‌هایش بکنم بلکه از طریق مراجع قانونی از مایلی‌کهن شکایت می‌کنم تا او مقابل قانون از اتهام سنگینی که به استقلال و میلیون‌ها هوادارش زده، دفاع کند. دیگر در مورد تهمت‌های ناروایی که هرازچند گاهی توسط عده‌ای مطرح می‌شود کوتاه نمی‌آیم چون به اندازه کافی شخصیت من و باشگاه بزرگ استقلال را زیر سوال برده‌اند. برای سرمربی تیم ملی متاسفم که با پیش کشیدن ادعاهای کذب و واهی بیشترین لطمه را به من و باشگاه استقلال زد. به زودی در دادگاه همه چیز مشخص خواهد شد.
نکته این‌جاست که رابطه مایلی‌کهن و قلعه‌نویی همین حالا هم اصلا خوب نیست و سرمربی کنونی تیم ملی چند روز قبل همکار اسبق خودش را به دادگاه کشاند.
