علی دایی فروردین سال ۸۸ از هدایت تیم ملی برکنار شد و دی‌ماه همان سال به عنوان سرمربی پرسپولیس منصوب شد و به جای زلاتکو کرانچار روی نیمکت این تیم نشست.

چند روز پس از انتخاب علی دایی به سمت سرمربی‌گری پرسپولیس، در برنامه ۹۰ نظرسنجی پیرامون پرطرفدارترین تیم باشگاهی در ایران گذاشته شد که هواداران تراکتور نسبت به نتایج آن بسیار معترض بودند. دایی در واکنش به این مسئله طی یک مصاحبه تلویزیونی که پنجم بهمن سال ۸۸ در خبرورزشی هم منتشر شد، گفت: من افتخار می‌کنم که آذری هستم و بازی‌های تراکتور را هم در لیگ برتر دنبال می‌کنم. همیشه آرزو دارم تراکتور نتایج ارزشمندی در لیگ برتر بگیرد و هوادارانش را هم بسیار دوست دارم. اصلا طرفداران من در تبریز بیشتر از تهران هستند اما باید این نکته را هم مدنظر قرار بدهیم که اغلب هواداران تراکتور در یکسری استان‌های خاص آذری‌زبان هستند درحالی‌که پرسپولیس در همه جای ایران طرفدار دارد.

سرمربی اسبق تیم ملی که در آن مقطع هدایت پرسپولیس را بر عهده داشت، در ادامه با تاکید بر این‌که پرسپولیس دغدغه‌ای از بابت حضور در لیگ قهرمانان ندارد و حتما یکی از سهمیه‌های ایران را به خودش اختصاص می‌دهد، پیرامون عدم تمایل برای صحبت در رابطه با تیم ملی پس از ماجراهای فروردین ۸۸ نیز تصریح کرد: من در تیم ملی تنها بودم. هرگاه درخواست اردو یا مسابقه تدارکاتی می‌کردم اولویت چهارم یا پنجم برای تیم فراهم می‌شد! برای مثال قرار بود ما پس از بازی با عربستان، بدون این‌که حتی یک ریال هزینه کنیم راهی آلمان شده و با تیم ملی سوئد دیدار تدارکاتی داشته باشیم اما آن‌قدر تعلل کردند که این مسابقه لغو شد. حالا هم بهتر است افرادی که ادعا می‌کردند کره شمالی و کره جنوبی را مثل کف دست می‌شناسند (کنایه به افشین قطبی) در مورد تیم ملی نظر بدهند و ترجیح می‌دهم به عنوان یک تماشاگر برای تیم ایران آرزوی موفقیت کنم.