کریم باقری یا حرف نمی‌زند یا اگر بحثی را مطرح کند با صراحت حرفش می‌گوید و اهل تکذیب نیست. اسطوره پرسپولیس که تا همین چند ماه قبل یکی از اعضای کادر فنی این تیم محسوب می‌شد، ۲۶ آذر ماه سال ۱۳۹۱ در گفت‌وگویی اختصاصی با خبرورزشی ادعای خاصی را مطرح کرد و با تاکید بر این‌که یکی از مهم‌ترین دلایل موفقیت استقلال در آن مقطع وجود فردی به نام امیر قلعه‌نویی بوده است، گفت: استقلال در این سال‌ها شخصی مانند قلعه‌نویی را داشته که واقعا خوب کار کرده است اما در عوض پرسپولیس یکی مثل او را نداشته است؛ امیر قلعه‌نویی اگر موفق شده به خاطر اعتمادی است که به او شد.
باقری که در آن مقطع صحبت‌هایی مبنی بر حضورش تحت عنوان مدیر فنی پرسپولیس روی نیمکت به گوش می‌رسید، با وجود مخالفت ضمنی علی پروین با احراز چنین سمتی صراحتا عنوان کرد هنوز حضورش در جمع پرسپولیسی‌ها قطعی نشده ولی اگر قرار بر بازگشت او شود فقط با نظر یحیی گل‌محمدی و مدیرعامل باشگاه باز می‌گردد و نظرات دیگران برایش مهم نیست! او همچنین از بازیکنان هم انتقاد کرد و گفت بازیکنان پرسپولیس باید انتقادپذیر شوند، کمتر حرف بزنند و بیشتر عمل کنند تا نتایجی در شأن پرسپولیس بگیرند.
