تیرماه ۱۳۸۹ هنگامی که تیم ملی پرتغال درگیر رقابتهای جام جهانی ۲۰۱۰ در آفریقای جنوبی بود، کیروش که آن زمان هدایت پرتغالی ها را برعهده داشت.
یک روز صبح زود هنگامی که تازه از خواب بر خواسته بود تا قبل از بیدار شدن شاگردانش کارهای مربوط به آنالیز بازی با اسپانیا را انجام بدهد، متوجه حضور سرزده بازرسان کنترل دوپینگ در اردوی پرتغال شد، آنها طبق قانون اجازه دارند هر زمانی که بخواهند از بازیکنان حاضر در جام جهانی آزمایش دوپینگ بگیرند و کیروش هم این را میدانست اما به بازرسان تاکید کرد در لابی هتل منتظر بمانند تا بازیکنان از خواب بیدار شوند چون اگر الان سراغ آنها بروند خواب نفرات بر هم میریزد و تمرین خوبی نخواهند داشت. بازرسان کنترل دوپینگ این مسئله را قبول نکردند و کار بالا گرفت مسئله به جایی رسید که داد و فریاد کیروش تمام هتل را برداشت و نیروهای امنیتی برای کنترل فضا وارد عمل شدند.
در نهایت رفتار سرمربی کنونی تیم ملی گزارش شد و او با محرومیتی ۶ماهه از مربیگری مواجه گردید. دقیقا پس از پایان همان محرومیت بود که کارلوس کیروش با تیم ملی فوتبال ایران قرارداد بست.