تیم ملی ایران پیش از برگزاری رقابت های جام جهانی ۲۰۰۶ آلمان و همچنین در حین بازی ها، با مشکلات فراوانی مواجه بود.
تیمی دو دسته که در آن زمان، شاهد جنگ و جدلهای مدیریتی میان فدراسیون فوتبال و وزارت ورزش بود و سرمربی وقت تیم ملی (برانکو ایوانکوویچ) هم نمیتوانست این جدالها را مدیریت کند.
محمد دادکان (رئیس وقت فدراسیون) با رئیس سازمان تریبت بدنی (محمد علی آبادی) دچار مشکلات فراوانی شده و داخل تیم هم، وضعیت ناآرام بود. بسیاری از بازیکنان با همدیگر دچار مشکل شده بودند و در نتیجه، کار از دست برانکو در رفت.
این آخرین جام جهانی بسیاری از بازیکنان فوتبال ایران بود؛ از جمله علی دایی که پس از پایان جام جهانی، از تیم ملی کنارهگیری کرد.