فتاحی در زمانی که رئیس سازمان لیگ بود از سوی هواداران استقلال متهم به حمایت از پرسپولیس می شد. اگر به خاطر داشته باشید در ماجرای سوپرجام چند سال گذشته که استقلال در میدان حاضر نشد، سعید فتاحی از سوی استقلالی‌ها متهم شد و در نهایت آن بازی ۳ بر صفر به سود پرسپولیس اعلام و این تیم قهرمان سوپرجام ایران شد.
از همان زمان استقلالی‌ها علیه فتاحی موضع گرفتند اما شنیده می‌شود او ارتباط نزدیکی با سردار آجرلو دارد و امروز هم پیگیر کارهای مهاجم جدید فرانسوی این تیم در فدراسیون فوتبال بود.
در این ارتباط شنیدیم حتی اگر فتاحی حکمی از آجرلو گرفته باشد این مسئله رسانه ای نشده تا هواداران استقلال نسبت به ماجرا حساس نشوند اما حداقل قضیه این است که سعید فتاحی در یکسری امور به مدیرعامل باشگاه استقلال کمک می‌کند و باید دید این کمک ها تا چه زمانی ادامه خواهد داشت؟