محمد دانشگر بعد از ورود فرهاد مجیدی روزهای خوبی را در استقلال تجربه نکرد. او در اسفند ماه سال ۱۳۹۹ بعد از بازی استقلال مقابل پیکان در جام حذفی با انتشار اطلاعیه‌ای رسمی کنار گذاشته شد و تا مدت‌ها برای بخشش خود تلاش می‌کرد. سرانجام مجیدی در اردیبهشت ماه سال ۱۴۰۰ به بازگشت او رضایت داد.
دانشگر که در خرداد ١٣٩٧ به استقلال پیوسته است در همین مدت کوتاه ۵ بار توسط دو سرمربی اخراج شده است که جالب‌تر آنکه چهار بار از این اخراج‌ها توسط فرهاد مجیدی صورت گرفته است.
حالا در فصل نقل و انتقالات و پس از لیگ بیستم شایعه‌های وجود دارد که بعد از داریوش شجاعیان، محمد دانشگر هم در لیست مازاد استقلال قرار گرفته است. در همین حال عده‌ای معتقدند دانشگر با پرسپولیس هم مذاکراتی را داشته است. هنوز مسئولان استقلال به صراحت درباره این موضوع صحبتی نداشته‌اند تا چند روز آینده این ماجرا مشخص خواهد شد.
اما ورزش سه با تکذیب این موضوع نوشت: یکی از بازیکنانی که فرهاد مجیدی خواستار تمدید قرارداد او شده، محمد دانشگر مدافع استقلال است و شایعات مربوط به حضور او در لیست مازاد صحت ندارد.
