تیر ۱۳۹۱ بود که نکونام پس از سال‌ها بازی برای اوساسونا در لالیگای اسپانیا به ایران برگشت و با قراردادی یک ساله به استقلال درآمد و امیر قلعه‌نویی که در آن مقطع دوباره سرمربی آبی پوشان پایتخت شده بود، از او به عنوان کاپیتان جدید این تیم نام برد. موضوعی که با واکنش مجیدی که در آستانه پیوستن به استقلال از الغرافه فطر قرار داشت، همراه شد و او در مصاحبه‌ای انتقادی اعلام کرد شرط قلعه‌نویی مبنی بر کاپیتان بودن نکونام در این تیم را نمی‌پذیرد.
پس از مصاحبه مجیدی، نکونام نیز گفت: «برای مربی‌گری یا کاپیتانی به استقلال نیامده‌ام، اما هر تصمیمی که سرمربی تیم بگیرد، همه باید اطاعت کنند.»
با این حال و پس از کش و قوس های فراوان و در حالی که پژمان منتظری از همه قدیمی‌تر بود، بازوبند به سید مهدی رحمتی داده شد. مجیدی در نیم فصل دوم لیگ دوازدهم به استقلال برگشت و بازوبند کاپیتانی به او داده شد و در نهایت استقلالی‌ها در آن فصل به قهرمانی لیگ رسیدند. این قهرمانی، آخرین جام آبی‌ها در لیگ برتر تاکنون بوده است.
